1980. január 3-án a Die Welt tudósítója telefoninterjút készített Andrej Szaharovval Afganisztán szovjet megszállásáról. Egyebek közt azt kérdezte tőle: lehetségesnek tartja-e, hogy a világ bojkottálni fogja az abban az évben Moszkvában rendezendő olimpiai játékokat? „Az olimpiai játékok ókori hagyománya szerint – hangzott Szaharov válasza – az olimpia idejére felfüggesztik a háborúskodást. Úgy gondolom, a Szovjetuniónak ki kell vonni csapatait Afganisztánból, ez rendkívül fontos a világ, az egész emberiség számára. Ha ez nem történik meg, az olimpiai bizottságnak meg kell vonnia a rendezés jogát a háborút folytató országtól.” A tudós hasonló tartalmú nyilatkozatot adott másnap a The New York Timesnak, majd január 17-én az ABC televíziós társaságnak. Január 22-én a nyílt utcán letartóztatták és a Szovjetunió Legfőbb Ügyészségére szállították őt a KGB operatív munkatársai. Ott Rekunov, a legfőbb ügyész helyettese felolvasta neki a Legfelsőbb Tanács Elnökségének rendeletét, mely szerint megfosztják összes állami kitüntetésétől, valamint olyan helyre telepítik ki, „ahol nem lesz módja, hogy külföldi állampolgárokkal kapcsolatba lépjen”. Már haza se mehetett, azonnal repülőgépre rakták, és Gorkijba vitték, hogy megkezdje határozatlan időtartamú száműzetését.
A külföldi sajtó és a tömegkommunikációs eszközök azonnal készek voltak a következtetéssel: Szaharovot azért tartóztatták le, mert elítélte az afganisztáni szovjet megszállást. Valójában nem egészen így történt: a kilencvenes években előkerült dokumentumok arra utalnak, hogy a helyzet ennél bonyolultabb is volt, meg egyszerűbb is.
1979. december 26-án készült el végső formájában az a feljegyzés, amelyben Andropov, a KGB akkori elnöke és Rugyenko, a Szovjetunió legfőbb ügyésze, javasolja Szaharov Gorkijba történő száműzését, hogy elejét vegyék szovjetellenes tevékenységének. A szóban forgó javaslatot minden jel szerint a küszöbönálló afganisztáni invázió kapcsán készítették elő. Másnap, december 27-én a Politbüro számtalan, a bevonulással közvetlenül összefüggő anyagot tekintett át. Maga a Szaharov-ügy 1980. január 3-án szerepelt először a napirenden, a száműzetésre vonatkozó döntést tehát már azelőtt meghozták, mielőtt értesültek volna Szaharov tiltakozó nyilatkozatáról. A tiltakozást a Politbüro ülésének jegyzőkönyve még csak meg sem említi. (A feljegyzést és a jegyzőkönyvet keretben közöljük.)
Hogy Szaharov kitelepítésének ötlete egyáltalán nem új keletű, azt bizonyítja egy másik feljegyzés is: „Szaharov Moszkvából való adminisztratív kiköltöztetésének anyagai kétszer kerültek megvitatásra az SZKP KB Politikai Bizottáságának ülésén napirenden kívül – 1975 novemberében és 1976 januárjában.
Célszerűnek találták a kérdés megvizsgálásának elhalasztását egy időre.
L. I. Brezsnyev és Ju. V. Andropov elvtársak ezen anyagokról részletesen informálták az SZKP KB Politikai Bizottságának tagjait.” A feljegyzésen ugyan dátum nem szerepel, de valószínűleg az Andropov–Rugyenko-javaslattal párhuzamosan keletkezhetett. Ugyanabban a „száműzetési” iratcsomóban található, amelyben első helyen az Andropov, Rugyenko és Usztyinov honvédelmi miniszter által aláírt, 1975. november 15-ei (!) keltezésű SZKP KB-határozattervezet szerepel, amely elsőként veti fel nyíltan Szaharov „izolálásának” szükségességét.
A KGB titkárságán előkészített 1975-ös anyagban ugyanazok az „érvek” szerepelnek a száműzetés indokaiként, mind az 1979-ben elfogadott végső változatban: Andropov egyebek közt arra utal, hogy Szaharov „társadalomellenes akciókat inspirált, krími tatárok, német autonomisták és ukrán nacionalisták szélsőséges elemeit uszítva erre”. Andropov és utódai a KGB élén meg voltak győződve róla, hogy Szaharov nem fogja kibírni az „izolációt” Belehal, vagy megtörik. Nem így történt: a három éhségsztrájk, a feleségétől való távollét, a teljes jogfosztottság és embertelen bánásmód, a világ közvéleményének dezinformálása, a sok millió példányban közzétett sajtórágalmak nem értek célt. A főtitkárok: Brezsnyev, Andropov, Csernyenko futószalagon követték egymást a másvilágra, de Szaharov nem tartott velük. 1986-ra a rendszer mélységes válságát már legfőbb vezérei is kénytelenek voltak belátni, s kapkodva keresték a gyógyírt megmentésére. Elkerülhetetlennek látszott, hogy megszüntessék Szaharov „politikai izolálását”. Megszületett Csebrikov (KGB), Ligacsov (Politbüro) és Marcsuk (Akadémia) közös feljegyzése, amelyben hivatalosan javaslatot tesznek Szaharov szabadon bocsátására. Gorbacsov és emberei tudták, hogy Szaharov száműzetésének megszüntetése a „szalonképes államok társaságába” szóló belépőjegy. Egy telefonhívás, és 1986. december 23-án Szaharov hazatérhetett gorkiji száműzetéséből. Ennek a gesztusnak azonban a Nyugat és az értelmiségi elit szemében, tényleges politikai tartalma csak akkor lett volna, ha a többi politikai fogoly is kiszabadul. (Alig két héttel korábban, december 9-én halt meg a börtönben Anatolij Marcsenko ismert emberjogi aktivista, a brezsnyevi és hruscsovi lágerek foglya.) A KGB, korábbi módszerein alig változtatva, tovább folytatta Szaharov „szoros figyelését”. Ezt támasztja alá az alábbi, Gorbacsovnak címzett dokumentum, melynek aláírója Viktor Csebrikov, a KGB akkori elnöke:
„Tisztelt Mihail Szergejevics!
Megküldöm Önnek Szaharov akadémikus Georg Stown és Frank von Hippel amerikai tudósokkal folytatott beszélgetésének leírását, amelyet operatív úton szereztünk meg.
Mély tisztelettel, V. Csebrikov
1987. 06. 19.”